Em 3 de fevereiro de 1977 foi escolhido para Arcebispo de São Salvador, assumindo a Arquidiocese a 22 de fevereiro.
Não teve tempo para descansar na missão que assumia. Depois de várias tomadas de posição, conjuntamente com outros Bispos, e com o pulsar da Igreja, mostrando como a repressão não era a solução, mas a justiça social, a partilha, a atenção aos pobres, a distribuição da riqueza, em 10 de março de 1977, foi assassinado o padre Rutilio Grande, juntamente com ele, dois camponeses, um idoso e um rapaz. D. Óscar Romero, muito amigo de Rutilio, ficou muito perturbado. Foi a partir de então que se dá o que o inimigos ou oportunistas chamam de "conversão", mas que o próprio refere como "Fortaleza", dom do Espírito Santo.
A intervenção de D. Romero será mais concreta, permanente, do púlpito, pela rádio, pela impressa da Arquidiocese, me reuniões oficiais e privadas, intervindo a libertar sacerdotes ou famílias, distanciando-se e a Igreja de qualquer ideologia ou compromisso político, A Igreja defende o bem, venha de onde vier e condena o mal, seja da esquerda seja da direita. Ao longo do seu magistério, na Arquidiocese e em todo o país, a Igreja é perseguida, sacerdotes e agentes da pastoral, presos, torturados, mortos e, os estrangeiros, expulsos.
Em relação à Teologia da Libertação, alerta para o risco de se tornar uma vertente do marxismo, fixando-se apenas na vertente temporal. Oscar Romero perfilha a opção preferencial pelos mais pobres, mas sempre em lógica de libertação integral, na abertura ao transcendente. Não se podem mudar as estruturas sem a conversão, sem mudar os corações. Prefere a Teologia da Salvação. Cristo, pela Sua cruz, redime o homem todo. Ligação permanente ao Evangelho, ao magistério dos Papas, às conferências de Medellin e Puebla. De algum modo, Romero antecipa aquela que será a posição da Santa Sé, nomeadamente da Congregação da Doutrina da Fé, presidida pelo então Cardeal Ratzinger: a opção preferencial pelos mais pobres é cristológica. Cristo veio para libertar o Homem todo: o que fizerdes ao mais pequenino dos irmãos a Mim o fazeis. Romero não se opõe à Teologia da Libertação, mas purifica-a com a cristologia. Só há libertação autêntica com a cruz redentora de Jesus Cristo. | Em relação à Teologia da Libertação vale a pena ler o que escreveu sobre Romero aquele que é considerado o Pai da Teologia da Libertação, Gustavo Gutiérrez: ROMERO, o BISPO QUE MORREU PELO POVO. Poderia sublinhar-se que a acentuação de Romero acerca da Teologia da Libertação se enquadra nas reflexões de Gustavo Gutiérrez.
As relações com a Santa Sé também não foram fáceis, sobretudo quando intermediadas com os núncios ou com enviados papais. Os encontros com o Papa Paulo VI e com João Paulo II transmitiram-lhe confiança, solidariedade, coragem para combater as injustiças, anunciar o Evangelho, testemunhar pelo serviço e pelo compromisso com os mais pobres.
As ameaças foram aumentando de tom, como os atentados contra a Igreja. Ora a esquerda ora a direita. Qualquer intervenção de D. Romero tinha uma leitura "política", ainda que ele sublinhasse a equidistância do Evangelho e da fé em relação a qualquer facção. A Igreja seria uma terceira via.
Outros dos aspetos vincados, é a inveja, o ódio, vindo de dentro, dos seus colegas de episcopado, mormente do Bispo Auxiliar, que faziam queixas ao núncio ou à Congregação dos Bispos. A sua ascensão a Arcebispo de São Salvador não agradou a muitos, mais velhos, com pretensões a tão elevada dignidade, mas também o sucesso que Romero tinha nas suas intervenções que era lidas e/ou ouvidas, comentadas e seguidas pelo clero de outras dioceses. Onde chegavam era cercado por crentes e pelos jornalistas. Foram várias as tentativas para o depôr. O autor sugere que a sua morte foi precipitada aquando da certeza que não seria substituído. A única forma de o calar foi matá-lo.
Ainda lhe sugeriram seguranças, ou a retirada, por exemplo, para Roma. A decisão foi a fé, o testemunho. Se os cristãos de São Salvador não têm proteção também o seu Bispo não a pode ter. Se os cristãos são mortos sem razão, o Pastor tem que se manter no seu posto, testemunhando a fé, dando coragem a todos. "Seria um contratestemunho pastoral se pudesse mover-me seguro, enquanto o meu povo vive no perigo... o meu dever obriga-me a andar com o meu povo; não seria justo dar um testemunho de medo. Se a morte vier, será o momento de morrer como Deus quis".
É assassinado por um profissional, com um só disparo, uma bala de fragmentação no peito, a 24 de março de 1980, enquanto celebrava Missa. Tinha 62 anos de idade. O funeral foi a 30 de março, Domingo de Ramos, na Plaza de Barrios e não chegou ao fim. Uma explosão colocou em perigo uma imensa multidão, cujo pânico provocou dezenas de mortes.
Foi uma morte por ódio à fé. E essa é a razão para ser reconhecido como mártir pelo Papa Francisco. Porquê uma demora tão grande? Explica Bento XVI: "Monsenhor Romero foi certamente um grande testemunho da fé, um homem de grande virtude cristã que se empenhou pela paz e contra a ditadura e que foi morto durante a celebração da Missa. Portanto, uma morte verdadeiramente credível, de testemunho de fé. Havia o problema de uma facção política o querer assumir como bandeira, como figura emblemática, injustamente. Como fazer vir à luz verdadeiramente a sua figura, purificando-a destas tentativas de instrumentalização? Este é o problema. Não duvido que a sua pessoa merece a beatificação" (9 de maio de 2007). Bento XVI reavivou o processo que conduziu à beatificação de D. Óscar Romero.